南京海關積極優化聯運中轉監管模式，配合上海海關實現水運進口聯運中轉自動審放，支持江蘇(蘇州)國際鐵路物流中心開展海鐵聯運業務，實現與上海洋山港、蘆潮港的無縫對接，推動運輸方式“公轉鐵”順暢轉化。支持構建區域物流中心，在蘇州工業園區港增設海關監管作業場所，打通園區與上海港口間的水上運輸體系。

為協調融合發展，積極開展跨關區合作，南京海關積極參與建立屬地納稅人協同征管機制，推動長三角原產地管理向進出口并重的全鏈條管理轉變。為助力穩外貿促增長，南京海關探索形成了跨區域跨部門協同解決問題工作格局和以點帶面推動制度創新工作模式。